Anaconda Navigatorを起ち上げるとパネル状にRStudioがデフォルトで出てますが、この状態でinstallしようとすると、別の環境としてRStudioが作られてしまいます。

これを避けて、base（root）にインストールする方法を探していたら、こちらにTIPSが掲載されていました。

こちらからトライしてみてください。

ちなみにAnaconda Prompt ですが、スタートメニューのanacondaのフォルダの中にあるのでそちらから起動してください。

Rコマンダーは、Tools →　Install PackagesからRcmdrをインストールしてください。

Anaconda Navigatorを再起動すると、パネルのRStudioが[Launch]という状態になります。