Anaconda Navigatorを起ち上げるとパネル状にRStudioがデフォルトで出てますが、この状態でinstallしようとすると、別の環境としてRStudioが作られてしまいます。
これを避けて、base（root）にインストールする方法を探していたら、こちらにTIPSが掲載されていました。
こちらからトライしてみてください。
ちなみにAnaconda Prompt ですが、スタートメニューのanacondaのフォルダの中にあるのでそちらから起動してください。
Rコマンダーは、Tools → Install PackagesからRcmdrをインストールしてください。
Anaconda Navigatorを再起動すると、パネルのRStudioが[Launch]という状態になります。